Considérant le potentiel de valorisation que présentent les boues de la Station d'épuration et compte tenu que la matière putrescible est la principale cause de contamination dans les lieux d'élimination, la Ville souhaite privilégier la valorisation de la totalité de ses boues dans la mesure où ce mode de gestion est avantageux pour l'environnement.
Cette volonté de la Ville de Saint-Jean-sur-Richelieu s'inscrit dans la lancée de la Politique québécoise de gestion des matières résiduelles 1998-2008 du Ministre de l'Environnement du Québec, et plus spécifiquement aux principes et objectifs édictés pour la valorisation des boues municipales.
De ce fait, la Ville procède à la valorisation de ses boues d’épuration depuis plusieurs années en effectuant le compostage des boues ou lors de la valorisation agricole durant la période estivale.